Wilhelm Steinhausen, Triptychon, Mittelbild: Der barmherzige Samariter auf dem Weg zur Pflege, 1890, 40 x 29 cm, Steinhausen-Stiftung, Frankfurt am Main

Steinhausen stellte sich der Ausstellungsöffentlichkeit zunächst vor allem als religiöser Maler vor. Bis heute gilt er neben dem Düsseldorfer Akademielehrer Eduard von Gebhardt (1838–1925) und dem in München zum Professor ernannten und an der Akademie lehrenden Fritz von Uhde (1848–1911) als einer der wichtigsten Vertreter einer neuen Auffassung protestantischer Kunst in Deutschland.
Seine Interpretationen religiöser Themen ernteten zunächst aber nur Spott oder heftige Kritik. Dennoch versuchte er, sich einen Namen mit religiösen Gemälden und Druckgrafik zu machen.
Dazu gehören beispielsweise auch Buchillustrationen, die ihm zugleich zu einem gewissen Einkommen verhalfen, wie die Bibellesezeichen (1868) oder die 1869/70 entworfenen Illustrationen zu der von seinem Bruder Heinrich geschriebenen „Geschichte von der Geburt unseres Herrn Jesus Christus“ (Druck 1872).

Seine zunehmende Bekanntheit als religiöser Maler trug ihm schließlich große Wandbildaufträge ein:

• 1891–1892 Wernigerode, Theobaldistift (Huberhaus): „Dieser nimmt die Sünder an und isset mit ihnen“, „Kommet her zu mir, die ihr mühselig und beladen seid“;
• 1894–1897 Ober St. Veit bei Wien, „Faniteum“: Wandbildzyklus mit den Darstellungen der Sieben Werke der Barmherzigkeit für ein Kinderheim (heute Frauenkloster) mit einer Grabkirche, die Karl Graf Lanckoronski seiner verstorbenen Frau Fanita errichtete;
• 1899–1902 Frankfurt am Main, Aula des Kaiser-Friedrich-Gymnasiums (heute: Heinrich-von-Gagern-Gymnasium): Gegenüberstellung von christlichem Lehrprogramm und den Lehren der Antike;
• 1905–1906 Stuttgart, zwei Wandgemälde für die Hospitalkirche: „Jesus als guter Hirte“, „Jesus als Herr des Weinbergs;
• 1913–1918 Frankfurt am Main, Ausgestaltung der Lukaskirche (heute Maria-Magdalena-Gemeinde), finanziert von Rose Livingston, mit Szenen nach dem Lukas-Evangelium, aber auch aus der Apostelgeschichte des Lukas, aus der Genesis, Exodus und Numeri. Das zentrale Thema war „Christus, der Sünderheiland“.